大京九市长联席会设执行主席１人，由各成员市市长轮流担任，每届任期一年。联席会下设日常办事机构大京九联络处。设在山东菏泽市，菏泽市任常务副主席方，东莞市为常任副主席方。市长联席会每年举行一次峰会，在执行主席所在市召开。主管全国区域组织的部门——国家发改委，对大京九经济协作带组织十年的工作给予了较高的评价，把大京九经济协作带组织列为“全国重点联系单位”。